Обратите внимание на следующее:
Сначала рассмотрим порядок учета расходов на проектные работы, связанные с реконструкцией объекта недвижимого имущества, для целей определения налоговой базы по налогу на прибыль.
В соответствии со ст.270 НК РФ расходы по приобретению и (или) созданию амортизируемого имущества не учитываются при определении налоговой базы по налогу на прибыль, а переносятся на себестоимость продукции (работ, услуг) или издержки обращения посредством начисления амортизационных отчислений.
Согласно п. 2 ст. 257 НК РФ первоначальная стоимость основных средств для целей налогового учета изменяется в случаях достройки, дооборудования, реконструкции, модернизации, технического перевооружения, частичной ликвидации соответствующих объектов и по иным аналогичным основаниям.
Для целей налогового учета к реконструкции относится переустройство существующих объектов основных средств, связанное с совершенствованием производства и повышением его технико-экономических показателей и осуществляемое по проекту реконструкции основных средств в целях увеличения производственных мощностей, улучшения качества и изменения номенклатуры продукции.
Таким образом, расходы на проведение проектных и изыскательных работ по реконструкции здания, а также расходы, непосредственно связанные со строительными работами по реконструкции здания, подлежали включению в первоначальную стоимость недвижимого имущества.
В противном случае, включение расходов на проведение проектных и изыскательных работ по реконструкции здания в состав прочих косвенных расходов необоснованно занижает налоговую базу по налогу на прибыль, и, соответственно, ведет к недоплате налога в бюджет.

Теперь рассмотрим порядок применения вычета перед бюджетом предъявленного налога на добавленную стоимость по приобретенным проектным работам, связанным с проведением реконструкции объекта недвижимого имущества.
Согласно п. 1.2. Письма Минфина РФ от 30 декабря 1993 г. № 160 «Положение по бухгалтерскому учету долгосрочных инвестиций» под долгосрочными инвестициями понимаются затраты на создание, увеличение размеров, а также приобретение внеоборотных активов длительного пользования (свыше одного года), связанные с осуществлением капитального строительства в форме нового строительства, а также реконструкции, расширения и технического перевооружения действующих предприятий и объектов непроизводственной сферы.
Следовательно, все работы, связанные с реконструкцией основного средства относятся к капитальному строительству.
Согласно п. 5 ст. 172 НК РФ вычеты сумм налога, предъявленные налогоплательщику подрядными организациями (заказчиками-застройщиками) при проведении ими капитального строительства производятся после постановки на учет соответствующих объектов завершенного капитального строительства (основных средств) с момента начисления амортизации по данному объекту для целей налогового учета, или при реализации объекта незавершенного капитального строительства.
Таким образом, принятие к вычету перед бюджетом НДС по расходам на проведение проектных и изыскательных работ по реконструкции здания в момент их оплаты не имеет правовых оснований, и, следовательно, ведет к недоплате налога на добавленную стоимость в бюджет.