При этом налогоплательщики, переведенные по отдельным видам деятельности на уплату ЕНВД, ведут раздельный учет доходов и расходов по разным специальным налоговым режимам. В случае невозможности разделения расходов при исчислении налоговой базы по налогам, исчисляемым по разным специальным налоговым режимам, эти расходы распределяются пропорционально долям доходов в общем объеме доходов, полученных при применении указанных специальных налоговых режимов.

Порядок ведения раздельного учета при применении налогоплательщиками одновременно системы налогообложения в виде ЕНВД и УСН НК РФ не установлен.

Таким образом, организация самостоятельно разрабатывает и утверждает порядок ведения раздельного учета. При этом применяемый организацией способ раздельного учета должен позволять однозначно отнести те или иные показатели к разным видам предпринимательской деятельности.

Разработанный организацией порядок ведения раздельного учета должен быть закреплен в приказе об учетной политике или в любом локальном документе, утвержденном приказом по организации (или приказом ИП). При его разработке необходимо руководствоваться Федеральным законом от 21 ноября 1996 г. N 129-ФЗ "О бухгалтерском учете".

Эти разъяснения ведомства можно найти в Письме Министерства финансов № 03-11-06/3/132 от 24.09.2010.