В письме отмечается, что согласно пункту 3 статьи 40 НК РФ в случаях, предусмотренных пунктом 2 статьи 40 НК РФ, когда цены товаров, работ или услуг, примененные сторонами сделки, отклоняются в сторону повышения или в сторону понижения более чем на 20% от рыночной цены идентичных (однородных) товаров (работ или услуг), налоговый орган вправе вынести мотивированное решение о доначислении налога и пени, рассчитанных таким образом, как если бы результаты этой сделки были оценены исходя из применения рыночных цен на соответствующие товары, работы или услуги.

Вместе с тем, следует обратить внимание, что при определении рыночной цены учитываются обычные при заключении между невзаимозависимыми лицами надбавки к цене или скидки.