При этом, согласно постановлению № 47 Пленума ВАС РФ пени, начисленные на авансовые платежи, подлежат пересчету, если эти авансовые платежи превысили сумму исчисленных платежей за отчетный период или исчисленного за год налога.

В настоящее время налоговые органы при начислении пени на авансовые платежи применяют следующий механизм ее расчета. В частности, пени на суммы ежемесячных авансовых платежей до истечения отчетного периода не начисляются. После представления налоговой декларации за отчетный (налоговый) период пеня начисляется на несвоевременно уплаченные ежемесячные авансовые платежи, не превышающие авансовый платеж, исчисленный исходя из прибыли за последний квартал отчетного (налогового) периода. То есть, если согласно налоговой декларации за отчетный (налоговый) период сумма исчисленного за последний квартал авансового платежа меньше суммы начисленных ежемесячных авансовых платежей на этот квартал, то налоговый орган производит начисление пени на ежемесячные авансовые платежи за последний квартал отчетного (налогового) периода, принимая их (для расчета пени) в суммах не выше авансовых платежей за этот квартал. Если по итогам за отчетный (налоговый) период сумма исчисленного за последний квартал авансового платежа равна или превышает сумму начисленных на этот же квартал ежемесячных авансовых платежей, то начисление пени при несвоевременной их уплате производится исходя из сумм начисленных ежемесячных авансовых платежей, которые налогоплательщик должен был уплатить в течение квартала. Например, ежемесячные авансовые платежи организации на 4 квартал 2008 года составили 1 700 000 рублей. По срокам уплаты 28.10.2008 и 28.11.2008 ежемесячные авансовые платежи в сумме 3 400 000 руб. уплачены своевременно, платеж по третьему сроку - 28.12.2008 не уплачивался. Согласно налоговой декларации за 2008 год налог, исходя из прибыли за 4 квартал, исчислен в размере 1 600 000 рублей. Для расчета пени ежемесячные авансовые платежи принимаются в сумме не выше 1 600 000 руб. или, соответственно, по указанным срокам уплаты: 533 333 руб., 533 333 руб. и 533 334 рубля. При условии, что по состоянию на 01.10.2008 недоимки по налогу на прибыль организаций не имелось, а уплаченные платежи по срокам 28.10.2008 и 28.11.2008 в размере 3400000 руб. превысили сумму ежемесячных авансовых платежей, принимаемых для расчета пени (1600000 руб.), то начисление пени в 4 квартале 2008 года не производится. Такие разъяснения приводит Минфин РФ в письме № 03-03-06/1/15 от 22.01.2010.