Ставки по НДПИ, а также особенности их применения установлены в статье 342 НК РФ.

Налогообложение производится по налоговой ставке 0 процентов (0 рублей в случае, если в отношении добытого полезного ископаемого налоговая база определяется в соответствии со ст. 338 НК РФ как количество добытых полезных ископаемых в натуральном выражении) при добыче:

1) полезных ископаемых в части нормативных потерь полезных ископаемых.

2) попутный газ;

3) подземных вод, содержащих полезные ископаемые (промышленных вод), извлечение которых связано с разработкой других видов полезных ископаемых, и извлекаемых при разработке месторождений полезных ископаемых, а также при строительстве и эксплуатации подземных сооружений;

4) полезных ископаемых при разработке некондиционных (остаточных запасов пониженного качества) или ранее списанных запасов полезных ископаемых (за исключением случаев ухудшения качества запасов полезных ископаемых в результате выборочной отработки месторождения). Отнесение запасов полезных ископаемых к некондиционным запасам осуществляется в порядке, устанавливаемом Правительством Российской Федерации;

5) полезных ископаемых, остающихся во вскрышных, вмещающих (разубоживающих) породах, в отвалах или в отходах перерабатывающих производств в связи с отсутствием в Российской Федерации промышленной технологии их извлечения, а также добываемых из вскрышных и вмещающих (разубоживающих) пород, отходов горнодобывающего и связанных с ним перерабатывающих производств (в том числе в результате переработки нефтешламов) в пределах нормативов содержания полезных ископаемых в указанных породах и отходах, утверждаемых в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации;

6) минеральных вод, используемых налогоплательщиком исключительно в лечебных и курортных целях без их непосредственной реализации (в том числе после обработки, подготовки, переработки, розлива в тару);

7) подземных вод, используемых налогоплательщиком исключительно в сельскохозяйственных целях, включая орошение земель сельскохозяйственного назначения, водоснабжение животноводческих ферм, животноводческих комплексов, птицефабрик, садоводческих, огороднических и животноводческих объединений граждан;

8) нефти на участках недр, расположенных полностью или частично в границах Республики Саха (Якутия), Иркутской области, Красноярского края, до достижения накопленного объема добычи нефти 25 млн. тонн на участке недр и при условии, что срок разработки запасов участка недр не превышает 10 лет или равен 10 годам для лицензии на право пользования недрами для целей разведки и добычи полезных ископаемых и не превышает 15 лет или равен 15 годам для лицензии на право пользования недрами одновременно для геологического изучения (поиска, разведки) и добычи полезных ископаемых с даты государственной регистрации соответствующей лицензии на пользование недрами.

9) сверхвязкой нефти, добываемой из участков недр, содержащих нефть вязкостью более 200 мПа x с (в пластовых условиях);

10) нефти на участках недр, расположенных севернее Северного полярного круга полностью или частично в границах внутренних морских вод и территориального моря, на континентальном шельфе Российской Федерации, до достижения накопленного объема добычи нефти 35 млн. тонн на участке недр и при условии, что срок разработки запасов участка недр не превышает 10 лет или равен 10 годам для лицензии на право пользования недрами для целей разведки и добычи полезных ископаемых и не превышает 15 лет или равен 15 годам для лицензии на право пользования недрами одновременно для геологического изучения (поиска, разведки) и добычи полезных ископаемых с даты государственной регистрации соответствующей лицензии на пользование недрами.

11) нефти на участках недр, расположенных полностью или частично в Азовском и Каспийском морях, до достижения накопленного объема добычи нефти 10 млн. тонн на участке недр и при условии, что срок разработки запасов участка недр не превышает семи лет или равен семи годам для лицензии на право пользования недрами для целей разведки и добычи полезных ископаемых и не превышает 12 лет или равен 12 годам для лицензии на право пользования недрами одновременно для геологического изучения (поиска, разведки) и добычи полезных ископаемых с даты государственной регистрации соответствующей лицензии на пользование недрами.

12) нефти на участках недр, расположенных полностью или частично на территории Ненецкого автономного округа, полуострове Ямал в Ямало-Ненецком автономном округе, до достижения накопленного объема добычи нефти 15 млн. тонн на участке недр и при условии, что срок разработки запасов участка недр не превышает семи лет или равен семи годам для лицензии на право пользования недрами для целей разведки и добычи полезных ископаемых и не превышает 12 лет или равен 12 годам для лицензии на право пользования недрами одновременно для геологического изучения (поиска, разведки) и добычи полезных ископаемых с даты государственной регистрации соответствующей лицензии на пользование недрами.

Если иное не установлено п. 1 ст. 342 НК РФ, налогообложение производится по налоговой ставке:
3,8 процента при добыче калийных солей;
4,0 процента при добыче:
торфа;
угля каменного, угля бурого, антрацита и горючих сланцев;
апатит-нефелиновых, апатитовых и фосфоритовых руд;
4,8 процента при добыче кондиционных руд черных металлов;
5,5 процента при добыче:
сырья радиоактивных металлов;
горно-химического неметаллического сырья (за исключением калийных солей, апатит-нефелиновых, апатитовых и фосфоритовых руд);
неметаллического сырья, используемого в основном в строительной индустрии;
соли природной и чистого хлористого натрия;
подземных промышленных и термальных вод;
нефелинов, бокситов;
6,0 процента при добыче:
горнорудного неметаллического сырья;
битуминозных пород;
концентратов и других полупродуктов, содержащих золото;
иных полезных ископаемых, не включенных в другие группировки;
6,5 процента при добыче:
концентратов и других полупродуктов, содержащих драгоценные металлы (за исключением золота);
драгоценных металлов, являющихся полезными компонентами многокомпонентной комплексной руды (за исключением золота);
кондиционного продукта пьезооптического сырья, особо чистого кварцевого сырья и камнесамоцветного сырья;
7,5 процента при добыче минеральных вод;
8,0 процента при добыче:
кондиционных руд цветных металлов (за исключением нефелинов и бокситов);
редких металлов, как образующих собственные месторождения, так и являющихся попутными компонентами в рудах других полезных ископаемых;
многокомпонентных комплексных руд, а также полезных компонентов многокомпонентной комплексной руды, за исключением драгоценных металлов;
природных алмазов и других драгоценных и полудрагоценных камней;
419 рублей за 1 тонну добытой нефти обезвоженной, обессоленной и стабилизированной. При этом указанная налоговая ставка умножается на коэффициент, характеризующий динамику мировых цен на нефть (Кц), и на коэффициент, характеризующий степень выработанности конкретного участка недр (Кв), которые определяются в соответствии с пунктами 3 и 4 настоящей статьи: 419 x Кц x Кв;
17,5 процента при добыче газового конденсата из всех видов месторождений углеводородного сырья;
147 рублей за 1 000 кубических метров газа при добыче газа горючего природного из всех видов месторождений углеводородного сырья.

Налогоплательщики, осуществившие за счет собственных средств поиск и разведку разрабатываемых ими месторождений полезных ископаемых или полностью возместившие все расходы государства на поиск и разведку соответствующего количества запасов этих полезных ископаемых и освобожденные по состоянию на 1 июля 2001 года в соответствии с федеральными законами от отчислений на воспроизводство минерально-сырьевой базы при разработке этих месторождений, уплачивают налог в отношении полезных ископаемых, добытых на соответствующем лицензионном участке, с коэффициентом 0,7.

Коэффициент, характеризующий динамику мировых цен на нефть (Кц), ежемесячно определяется налогоплательщиком самостоятельно путем умножения среднего за налоговый период уровня цен нефти сорта "Юралс", выраженного в долларах США, за баррель (Ц), уменьшенного на 15, на среднее значение за налоговый период курса доллара США к рублю Российской Федерации, устанавливаемого Центральным банком Российской Федерации (Р), и деления на 261:

Средний за истекший налоговый период уровень цен нефти сорта "Юралс" определяется как сумма средних арифметических цен покупки и продажи на мировых рынках нефтяного сырья (средиземноморском и роттердамском) за все дни торгов, деленная на количество дней торгов в соответствующем налоговом периоде.

Средние за истекший месяц уровни цен нефти сорта "Юралс" на средиземноморском и роттердамском рынках нефтяного сырья ежемесячно в срок не позднее 15-го числа следующего месяца доводятся через официальные источники информации в порядке, установленном Правительством Российской Федерации.

При отсутствии указанной информации в официальных источниках средний за истекший налоговый период уровень цен нефти сорта "Юралс" на средиземноморском и роттердамском рынках нефтяного сырья определяется налогоплательщиком самостоятельно.

Среднее значение за налоговый период курса доллара США к рублю Российской Федерации, устанавливаемого Центральным банком Российской Федерации, определяется налогоплательщиком самостоятельно как среднеарифметическое значение курса доллара США к рублю Российской Федерации, устанавливаемого Центральным банком Российской Федерации, за все дни в соответствующем налоговом периоде.

Рассчитанный в порядке, определенном настоящим пунктом, коэффициент Кц округляется до 4-го знака в соответствии с действующим порядком округления (п. 3 ст. 342 НК РФ).

Коэффициент, характеризующий степень выработанности запасов конкретного участка недр (Кв), определяется налогоплательщиком в порядке, установленном настоящим пунктом.

В случае если степень выработанности запасов конкретного участка недр больше или равна 0,8 и меньше или равна 1, коэффициент Кв рассчитывается по формуле:

где N - сумма накопленной добычи нефти на конкретном участке недр (включая потери при добыче) по данным государственного баланса запасов полезных ископаемых утвержденного в году, предшествующем году налогового периода; (в ред. Федерального закона от 30.12.2006 N 268-ФЗ)

V - начальные извлекаемые запасы нефти, утвержденные в установленном порядке с учетом прироста и списания запасов нефти (за исключением списания запасов добытой нефти и потерь при добыче) и определяемые как сумма запасов категорий А, В, С1 и С2 по конкретному участку недр в соответствии с данными государственного баланса запасов полезных ископаемых на 1 января 2006 года.

В случае, если степень выработанности запасов конкретного участка недр превышает 1, коэффициент Кв принимается равным 0,3.

В иных случаях, не указанных в абзацах втором и шестом данного пункта, коэффициент Кв принимается равным 1.

Степень выработанности запасов конкретного участка недр (Св) рассчитывается налогоплательщиком самостоятельно на основании данных утвержденного государственного баланса запасов полезных ископаемых, как частное от деления суммы накопленной добычи нефти на конкретном участке недр (включая потери при добыче) (N) на начальные извлекаемые запасы нефти (V). При этом начальные извлекаемые запасы нефти, утвержденные в установленном порядке с учетом прироста и списания запасов нефти (за исключением списания запасов добытой нефти и потерь при добыче), определяются как сумма запасов категорий А, В, С1 и С2 по конкретному участку недр в соответствии с данными государственного баланса запасов полезных ископаемых на 1 января 2006 года.

Федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий в установленном порядке ведение государственного баланса запасов полезных ископаемых, направляет в налоговые органы данные государственного баланса запасов полезных ископаемых на 1-е число каждого календарного года, включающие:
наименование пользователя недр;
реквизиты лицензии на право пользования недрами;
сведения о накопленной добыче нефти (включая потери при добыче) (N) и начальных извлекаемых запасах нефти, утвержденных в установленном порядке, с учетом прироста и списания запасов нефти (за исключением списания запасов добытой нефти и потерь при добыче) (V) всех категорий по каждому конкретному участку недр. Данные предоставляются после выпуска государственного баланса запасов полезных ископаемых на 1-е число каждого календарного года, но не позднее 1-го числа следующего календарного года.

Рассчитанный в порядке, определенном настоящим пунктом, коэффициент Кв округляется до 4-го знака в соответствии с действующим порядком округления (п. 4 ст. 342 НК РФ).